影響癲癇預后及復發還有一個的重要因素，即病因。有明確病因的遲發癥狀性發作比未發現病因的發作更容易復發。但部分學者認為，病因學對預后的意義有限，病因明確或不明確與預后之間無明顯關系。

　　腦外傷引發的癲癇中，較輕的頭部外傷后數分鐘內只出現一次癲癇發作，以后不再發作的癲癇預后#!佳。外傷后只發作幾次的病人，預后良好。嚴重的腦外傷的癥狀性癲癇預后不佳。由火器穿通傷引起的癲癇是復發危險性#!高的外傷后癲癇。

　　腦炎的急性期常伴有不同程度的癲癇發作，部分腦炎病人痊愈后也可出現癲癇發作。一般病人服用抗癲癇藥物均可控制發作，預后比較好。但嚴重腦炎后遺癥伴有頻繁癲癇發作者預后不理想。

　　良性腦腫瘤如腦膜瘤誘發的癲癇，如能將原發灶切除，預后良好；而潛在惡性的腫瘤如神經膠質細胞瘤由于腫瘤本身復發率高，癲癇發作也不易控制。另一方面，即使腫瘤被@^，但由于手術遺留的瘢痕仍可成為致灶。

　　腦血管病引起的癲癇的預后問題，長期隨訪報道較少。一般認為，晚期發作者抗癲癇治療較易于控制，約60%的患者可完全緩解，且復發率也低。而卒中急性期并發癲癇對于患者的生命健康是不利的，特別是頻繁的全身性強直-陣攣性發作，可因加重腦缺氧、缺血、腦水腫而使原發病惡化，甚至死亡率增高，如腦梗死急性期出現癲癇可致死亡率增加至30%。

　　50%～70%的腦囊蟲病人有癲癇發作，其預后關鍵在于抗囊蟲治療。

　　由于分娩時或出生后因素致病者，即伴有器質性腦損傷，如腦出血、先天性腦發育不全、大腦癱及精神缺陷等，其預后不良。某些先天性疾病，如結節性硬化癥、腦面血管瘤病、神經纖維瘤病等，預后也差。